FFK flyger dagligen sjöövervakningsuppdrag för Marinen, huvudsakligen för att identifiera och dokumentera mål i farvattnen runt Sveriges kuster. Under dessa uppdrag används AIS, Automatic Identification System, som gör det möjligt att identifiera ett fartyg och följa dess rörelser, t.ex direkt i en iPad ombord i flygplanet.
FFK kan även bistå med eftersök vid sjöräddningen eller hjälpa till vid oljeutsläpp. Sjöövervakningen bedrivs från ett 10-tal platser runt hela den svenska kusten, omkring 250 FFK-medlemmar deltar i arbetet.
Sjöinformationsgrupperna, SIG, bildades 2005 och är en avdelning som liknar hemvärnsflyget. Piloterna är avtalsbundna till Marinen och kan kallas ut i samband med kriser av olika slag.
SIG-grupperna agerar ofta i så kallad rote där två flygplan flyger tillsammans och är en självständig resurs för bl.a. sjöinformationskompanierna. SIG-grupperna kallas ofta in för tjänstgöring i samband med större nationella och internationella övningar.
Kraven på flygförarna i SIG är höga och dessa grupper lägger mycket tid på övning och samverkan.